Se casó con Luise Friederike von Cronhelm, hija del alcalde, y después se trasladó a Tallin en Estonia, otra vez ejerciendo como profesor particular.
Radicado en la localidad de Haapsalu, enseñó matemáticas a un joven noble como preparación para su trabajo administrativo.
Fue nombrado en 1803 director del observatorio astronómico de la Academia, y en 1805 participó con su hijo en una fallida expedición rusa a China.
[1] Sus escritos incluyen algunos trabajos científicos, pero se dedicó principalmente a la popularización de la astronomía.
Su hijo, Friedrich von Schubert, fue general del ejército ruso y explorador.