Su padre era un diputado de Edimburgo, al igual que su abuelo (también llamado Thomas Aikenhead).
[5]El caso fue procesado por el Lord Advocate y Sir James Stewart, quien exigió la pena de muerte para dar un ejemplo a otros que de otro modo podrían expresar tales opiniones en el futuro.
[6] Esta fue una pena extraordinaria, ya que el estatuto exigía la ejecución solamente en la tercera condena por este delito; los delincuentes que habían sido condenados una vez debían ser vestidos con sacos y encarcelados;
Además, no mencionó que el ya había sido condenado una vez.
Escribió esta carta antes de hacer la larga caminata, bajo vigilancia, hacia la horca en el camino entre Edimburgo y Leith.
Se decía que había muerto con una Biblia en mano, "con todas las marcas de un verdadero penitente".