4d., Bodley realizó una gira por Francia , Italia y el Sacro Imperio Romano Germánico , visitando a eruditos y agregando el francés, el italiano y el español a su repertorio de idiomas.
Las dificultades esenciales de su misión se complicaron y Bodley pidió repetidamente que lo llamaran.
Finalmente se le permitió regresar a Inglaterra en 1596, pero al ver que su esperado ascenso de secretario de Estado se veía obstaculizado por los intereses en competencia de Burghley y Essex , se retiró de la vida pública y regresó a Oxford.
Su monumento sobrevive en el muro occidental del transepto norte de la capilla, formado de mármol blanco y negro con pilares que representan libros y alegorías del saber.
Bodley escribió su autobiografía hasta el año 1609, que, con el primer borrador de los estatutos redactados para la biblioteca, y sus cartas al bibliotecario Thomas James , fue publicado por Thomas Hearne , bajo el título de Reliquiae Bodleianae, o Authentic Restos de Sir Thomas Bodley , (Londres, 1703, 8vo).