Thomas Fothen debutó en 2005 en el equipo Team Sparkasse.
En 2006 se unió a su hermano Markus en la formación ProTour Gerolsteiner.
En 2007 participó en una primera gran vuelta con ocasión del Giro de Italia y obtuvo algunos lugares de honor en las llegadas al esprint.
Su hermano mayor, Markus Fothen, es también ciclista profesional.
No consiguió ninguna victoria como profesional.