Thomas Indermühle nació en Berna en 1951, en el seno de una familia musical de la que se convirtió en el séptimo hijo y en la que predominaban los pianistas (su madre y su padre ya lo eran, y este último, además también fue director).
Cuando cumplió los 18 años se convirtió en alumno de Heinz Holliger, de quien aprendió durante tres años en Friburgo, y posteriormente se trasladó a París para estudiar al lado de Maurice Bourgue.
Dos años después, en 1976, ganó el tercer Concurso Internacional de Música ARD (quedando el primer y el segundo premio sin otorgar).
Desde entonces, no ha dejado de impartir clases magistrales en diversos países como Japón, Corea, Australia, Brasil, España, Italia, Grecia y México.
Ha grabado para Philips, EMI, Camerata Tokio, Camerata International CD Catálogo 2005, visto 18 de abril de 2011, Novalis, realizando numerosas grabaciones en CD.