Thomas Rytter debutó como futbolista profesional en 1992 a los 18 años de edad con el Lyngby BK danés.
Tras obtener una Superliga en 1992, fue elegido el mejor futbolista danés joven del año en 1994 y tras jugar un total de 129 partidos, fue traspasado al Sevilla FC, con el que jugó dos temporadas.
[1] Ya en 1998 fichó por el FC Copenhague, con el que volvió a ganar una Superliga y además una Supercopa danesa de fútbol, ambas en 2001.
Tras un paso por el VfL Wolfsburgo, fichó por el Brøndby IF, equipo en el que se retiró en 2008 a los 34 años de edad.
Thomas Rytter fue convocado por la selección de fútbol de Dinamarca en 1996 por primera vez en un partido contra Suecia y disputó un total de cuatro partidos hasta 2003, año de su última convocatoria.