Al igual que su predecesor anterior, Time Crisis II, permite que dos jugadores cooperen en un entorno de juego y tiene el sistema de pedal distintivo Time Crisis para esconderse y avanzar.
Esta característica se utilizó más tarde en el puerto de Crisis Zone, con algunos cambios.
Al enterarse de que las fuerzas zagorianas han establecido una base en el Observatorio Estatal de Astigos abandonado, Daniel y su teniente Jake Hernández lideran una pequeña fuerza para infiltrarse y destruirlo.
Una semana después, la hermana de Daniel, Alicia, emprende una misión en solitario para infiltrarse en un búnker zagoriano.
Su líder, el coronel de la Fuerza Aérea Victor Zahn, los ataca en su cañonera fuertemente armada.
Alan y Wesley se enfrentan al pistolero a sueldo Wild Dog, que aparentemente fue asesinado durante los eventos relacionados con el incidente de NeoDayne, con su nuevo compañero, Wild Fang, que ha mejorado enormemente la fuerza de las piernas.
En la batalla que sigue, Fang aparentemente es asesinado, pero Dog una vez más se suicida con explosivos para evadir la captura.
Al mismo tiempo, Alicia atrapa a Jake tratando de escapar con una ojiva nuclear robada.