[6] La especie T. flavotectus fue descrita por primera vez por el ornitólogo alemán Ernst Johann Otto Hartert en 1902 bajo el nombre científico de subespecie Rhynchocyclus megacephala flavotectus; la localidad tipo es «San Javier, Hacienda Paramba, Imbabura, Ecuador».
[2] El nombre genérico masculino «Tolmomyias» se compone de las palabras del griego «tolma, tolmēs» que significa ‘coraje’, ‘audacia’, y «muia, muias» que significa ‘mosca’.
; y el nombre de la especie «flavotectus» se compone de las palabras del latín «flavus» que significa ‘amarillo’, y «tectus» que significa ‘oculto’.
Las relaciones dentro del género son inciertas, dependiendo de estudios genéticos más completos.
Diversos autores ya la consideraban como especie separada, entre ellos Hilty (2003)[8] y Ridgely & Tudor (2009)[6] con base en la distribución disjunta, significativas diferencias vocales y diferencias menores de plumaje, lo que fue finalmente seguido por las principales clasificaciones.