Jugaba de defensa y su primer equipo fue el FK Marila Příbram.
En enero de 2002 ficha por el FK Drnovice, equipo con el que debuta en Primera división.
En esa temporada Zápotočný juega pocos partidos y no puede ayudar mucho a su equipo en su intento de mantener la categoría, meta que no se consiguió.
Después de esa misma temporada se marcha a jugar al Slovan Liberec, equipo con el que se proclama campeón de Liga en 2006, siendo capitán del equipo.
Después de una temporada como suplente decide irse y acaba recalando en el Beşiktaş turco.