Mientras que en el lado contrario, los conjuntos de Tijuana e Irapuato descenderían a la Segunda División al finalizar la temporada.
En esta edición se registró además el regreso a las competiciones del Zacatepec, conjunto que ocupó el lugar de Águilas de la Riviera Maya, equipo que se vio obligado a cambiar de sede como consecuencia de los daños provocados por el Huracán Wilma, motivo que llevó a la directiva del América a resucitar a los Cañeros para que fuera su filial aprovechando que durante el Apertura 2005, las entonces Águilas jugaron sus últimos partidos en los estadios Azteca y Agustín Coruco Díaz.
Los 20 equipos participantes se dividieron en 4 grupos de 5 equipos, juegan todos contra todos a una sola ronda, por lo que cada equipo jugó 19 partidos; al finalizar la temporada regular de 19 jornadas califican a la liguilla los 2 primeros lugares de cada grupo, y los 4 mejores ubicados en la tabla general califican al repechaje de donde salen los últimos 2 equipos para la Eliminación directa.
En la fase de calificación participaron 20 clubes de la Primera División A profesional jugando todos contra todos durante las 19 jornadas respectivas, a un solo partido.
Tras la fase de reclasificación los equipos clasificados a cuartos de final por el título serán 8; estos se ordenarán según su posición general en la tabla, si alguno más bajo eliminara a uno más alto, los equipos se recorrerán según su lugar obtenido.