El Torneo Clausura es el segundo de las tres fases de la Segunda División de Venezuela 2016, y se disputó entre el 8 de julio y el 22 de octubre de 2016.
El torneo de Segunda División cambió de formato para temporada 2016.
[1] La segunda fase, o Torneo Clausura, volvió a enfrentar a los 24 equipos en competencia en 3 grupos de 8 equipos cada uno, por cercanía geográfica,; donde se enfrentaron en formato de ida y vuelta contra cada rival del grupo para totalizar 14 partidos.
Esta fase formó la parte restante del acumulado para decidir los equipos que definieron los cupos para los cuadrangulares finales, que estuvieron definidos asíː La “Tabla Acumulada” definirá los equipos a descender a la Tercera División de Venezuela; mediante una tabla general, donde los que ocupen la última, penúltima, antepenúltima y el equipo que ocupe la posición inmediatamente anterior al club antepenúltimo (la cuarta posición desde el último lugar hacia arriba) perderían la categoría.
[2] La FVF definió la "Tabla Acumulada" como la suma de los resultados de las "Tablas Clasificatorias" de cada grupo, sin tomar en cuenta cualquier serie extra que se haya disputado, por la razón o finalidad que fuere.