El argumento del juego se desarrolla alrededor de un niño llamado Andy (Guthy en la versión europea), el cual recibe unos juguetes nuevos por Navidad y abandona sus juguetes de la infancia.
En el juego el jugador debe completar misiones controlando diferentes juguetes (habitualmente éstos toman forma de vehículos).
Estas misiones se desarrollan en diferentes habitaciones de la casa.
Por ejemplo, la primera misión se desarrolla en la cocina y su objetivo es hervir unos huevos usando un coche de juguete.
No Cliché creó una versión demo tematizada para Navidad de Toy Commander exclusiva para la Revista Oficial Dreamcast.