En esta última institución entró en contacto con el destacado historiador Fernand Braudel, que le brindó apoyo material para su investigación sobre los moriscos en el reino de Valencia.
[4] En los años siguientes fue profesor en las universidades de Buenos Aires y Nacional del Litoral.
Colaboró con Gino Germani y los profesionales del Instituto Di Tella en el proyecto financiado por la Fundación Ford para estudiar los problemas ligados a la inmigración transatlántica en la Argentina.
Allí comenzó un largo período viviendo en el exterior, trabajando en las universidades de la República, Oxford y Harvard, para radicarse definitivamente en Berkeley en 1972.
Medievalista de origen, Halperín Donghi comenzó su trayectoria académica escribiendo su tesis doctoral sobre los moriscos y cristianos en Valencia en el siglo XVI.
Virtud particular de Halperín con esta obra fue dinamitar las posiciones maniqueas, entre liberales y revisionistas, que habían caracterizado la historiografía argentina hasta ese momento.
En la disciplina se considera que Tulio Halperín Donghi reinventó el oficio del historiador argentino.