La flotilla occidental navegó por el río Tennessee para atacar Fort Henry, que protegía este acceso por agua al corazón del sur.
El 1 de marzo, las cañoneras se enfrentaron a las fuerzas confederadas que fortificaban Shiloh (Pittsburg Landing) Tennessee.
Desembarcaron un grupo de marineros y francotiradores del ejército para reconocer la fuerza confederada en el área.
Más adelante en el mes navegaron río arriba hasta Eastport (Misisipi), donde intercambiaron fuego con la artillería del sur.
El Lexington continuó apoyando las operaciones del ejército en el río Tennessee hasta que navegó por el Misisipi con Conestoga, St.
Los tripulantes heridos fueron atendidos en Lexington mientras avanzaba 63 millas río arriba hasta Crooked Point Cut-off, donde las aguas poco profundas la obligaron a retroceder.
Al día siguiente, proporcionaron fuego de cobertura para las tropas del general Sherman durante un ataque contra Chickasaw Bayou, controlado por los confederados.
Al día siguiente, aunque el Ejército no estaba en posición de presionar el ataque, los barcos de la Unión se movieron a 60 yardas del fuerte firmemente defendido y comenzaron un enfrentamiento abrasador que suavizó las obras para el asalto del día siguiente.
Cuando las tropas de la Unión cargaron la posición el día 11, las cañoneras reanudaron su fuego bien dirigido y silenciaron todos los cañones del sur.
Después de esta derrota, los confederados evacuaron otras posiciones en los ríos White y Saint Charles.
Mientras tanto, los asaltantes confederados amenazaban con arrebatarle el control del valle de Cumberland a la Unión.
La cooperación conjunta del ejército y la marina mantuvo los ríos superiores abiertos a la Unión e impidió una contraofensiva confederada efectiva.
Cuando llegaron al lugar de la batalla, encontraron a las tropas defensoras "sin municiones y completamente rodeadas por los rebeldes en números abrumadores, pero aún manteniéndolos bajo control".
Durante el mes siguiente, continuó operando contra la poderosa fortaleza confederada hasta que cayó el 4 de julio.
Los transportes del ejército llegaron al día siguiente y se desembarcaron tropas para ocupar ese pueblo.
El 7 de abril, Lexington y otras cinco cañoneras navegaron sobre las cataratas hacia Shreveport, para apoyar al general Nathaniel Prentiss Banks, que avanzaba valle arriba.
Lo que Porter describió como "este curioso asunto... una pelea entre infantería y cañoneras", finalmente se decidió por el fuego de las cañoneras, que infligió grandes pérdidas a los confederados, incluida la muerte de su comandante, el general Thomas Green.
Así fue como el periscopio, una vista familiar en las torretas modernas y en los submarinos, se puso en uso durante la Guerra Civil en las aguas occidentales.
El teniente Bache logró llevar al Lexington por encima de las cataratas superiores, luego la condujo directamente hacia la abertura en la presa donde las aguas furiosas parecían prometer solo su destrucción.