Una pausa con... Dr. Mario también realiza un seguimiento de la puntuación más alta actual del jugador.
Los críticos en general elogiaron la jugabilidad, pero lamentaron la falta del modo multijugador ofrecido en los anteriores juegos de Dr. Mario.
NintendoLife otorgó al juego una puntuación de 8 sobre 10, aplaudió la jugabilidad "adictiva" y lo calificó como una "adición bienvenida a [la] biblioteca DSiWare".
Sin embargo, señaló que "la omisión de un modo multijugador probablemente moleste a algunos fanáticos del juego desde hace mucho tiempo".
El crítico Jon Jordan llamó al Una pausa con... Dr. Mario es "un gran juego de rompecabezas", pero criticó la presentación, en particular el pequeño tamaño del campo de juego y los gráficos, que consideró "terriblemente anticuados y mal animados".