En 1337 había comenzado la guerra de los Cien años y la presencia inglesa en Aquitania era continua e iba en aumento.
En 1560, los estudiantes adoptaron la religión reformada, sus discusiones pronto causaron serios disturbios y varios protestantes fueron atacados por sus adversarios encabezados por el rector de la Universidad.
[8] Los profesores también dan muestra de la violar igualmente los estatutos; realizan sus cursos irregularmente o incluso los abandonan.
Para completar las calamidades Enrique IV realiza un nuevo ataque contra la universidad con la fundación de una academia protestante en Montauban.
Con todo, no pudo adaptarse a las numerosas normas promulgadas por Luis XIV‚ sobre la enseñanza de las facultades.
Los abusos continuaron aumentando, las cátedras quedaron vacantes, las luchas estallaron dentro de la universidad y terminaron arruinando su crédito.
Varios comisionados fueron enviados sucesivamente en el siglo XVIII para hacer cumplir los estatutos, pero no alcanzaron su misión.