La Universidad de Margarita ha adoptado como su esquema gerencial básico, el modelo sistémico.
En este concepto está implícito un grado de totalidad que convierte al todo en algo diferente a las partes individuales consideradas por separado y algo más que ellas.
Un grupo de personas ligadas con la educación superior en Venezuela, Pedro Augusto Beauperthuy, María Eugenia Morales, Raquel Pérez Henríquez, Pedro Cabello Poleo y Aníbal Gómez, solicitó e insistió crear la universidad.
[9][10] Su cargo dura 3 años, con posibilidad de ser reelegido para un periodo adicional en dos ocasiones macimas.
En total , 3 personas han ocupado la rectoría de la Universidad en 1998 periodos distintos.