Es la segunda universidad más antigua del país luego de la Universidad de Teherán y el instituto académico más grande del noroeste de Irán.
La universidad fue establecida en primer momento por el gobierno autónomo comunista de Azerbaiyán bajo el mando de Jafar Pishevari, quien abogaba por la ocupación soviética en el norte de Irán; esta primera fundación fue realizada el 12 de junio de 1946 y fue bautizada con el nombre de Universidad de Azerbaiyán (Azerí: Azerbaycan Universiteti) con facultades en Medicina, Agricultura y Pedagogía.
La universidad cerró pronto en noviembre con la caída del gobierno autónomo.
En 1985 el ministro iraní de Salud, Tratamiento y Educación Médica intervino en los departamentos y facultades de ciencias médicas para crear una institución independiente que hoy se llama la Universidad de Tabriz de Ciencias Médicas.
Esta renaciente universidad comenzó su propio programa educativo y actividades, independientemente.