Esta determinación se da con fines clínicos y procedimentales, en general la uretritis no gonocócica tiene diferentes causas.
Usualmente se aíslan Chlamydia trachomantis, Ureaplasma urealyticum, Gardnerella vaginalis y Mycoplasma genitalium.
Trauma físico (catéter, citoscopia, urolitiasis, etc.) o químico (antisépticos, espermicidas, etc.) La mayoría de los agentes etiológicos antes mencionados son transmitidos mediante relaciones sexuales sin el uso de preservativo, aunque también se deben tener en cuenta la mala higiene personal o de ropa interior si el uso es compartido.
Pueden incluir: dolor, irritación, prurito, disuria, secreción blanquecina o transparente de mal olor que sale de la uretra, pujo y tenesmo vesical, ardor y dolor al orinar, pueden también presentarse síntomas en la región perineal, oral y síntomas generales inespecíficos (fiebre, dolor de estómago, etc.).
En mujeres se puede presentar secreción vaginal (de características similares a la uretral), cervicitis, ardor, dolor, un sangrado profuso puede indicar que la infección ha progresado a una enfermedad pelviana inflamatoria.