Inició su trayectoria en las categorías juveniles del Club Deportivo Ingeniería y de Academia Huancayo.
Debido a su gran rendimiento fue fichado por el Club Sport Áncash en 2008, donde logró disputar su primer torneo internacional: La Copa Sudamericana.
En 2015 fichó con el Club Sport Huancayo, donde jugó durante cinco temporadas, anotando 16 goles en 199 partidos.
[5][6] En 2009 su valor creció a 100 mil dólares y a comienzos del 2010 fue traspasado libre al CD León de Huánuco, donde debutó de titular ante Alianza Lima, jugando 74 minutos y siendo reemplazado por Luis García.
[10] En el torneo descentralizado del 11 de septiembre hizo su debut ante Sport Huancayo donde empató 0−0.
[14] Su equipo terminó segundo en la tabla con 56 puntos detrás de la Universidad San Martín que tenía 64 unidades.
Su equipo terminó octavo en la tabla con 40 puntos y jugó 9 partidos sin goles ni asistencias.
El 31 de agosto debutó en la Liguilla A contra la San Martín donde su equipo perdió 1−0.
Víctor Peña jugó 33 partidos, anotó 1 gol y dio 1 asistencia en toda la temporada.
Sin embargo, Peña recibió doble amarilla sin poder jugar la siguiente fecha ante Unión Comercio.
El 20 de septiembre anotó un gol y dio una asistencia a Johnny Vidales en la victoria 5-0 al Deportivo Municipal.
El 5 de noviembre dio una asistencia a Blas López para sentenciar la victoria 5-3 ante Sporting Cristal.
Su equipo terminó sexto en la tabla, clasificando a la fase eliminatoria de la Copa Sudamericana del año siguiente, con 25 puntos.
Esa temporada, Peña jugó 32 partidos, anotó 4 goles y dio 4 asistencias.
[46] Su equipo terminó el torneo con 46 puntos en cuarto puesto, Víctor Peña jugó 25 partidos, anotó 3 goles y dio 3 asistencias.
En la primera fase de la Copa Sudamericana ante Deportivo Anzoátegui SC jugó solamente 5 minutos, ya que recibió tarjeta roja tras una falta, su club perdería 2-1.
[54] Su equipo terminó cuarto en la tabla, clasificando a la fase eliminatoria de la Sudamericana del año siguiente, con 26 puntos.
Peña jugó 38 partidos esa temporada, marcando 5 goles y dando 5 asistencias.
[67] Su último partido del torneo y de la temporada lo jugó ante FBC Melgar con derrota 4-0.
[68] Su equipo terminó séptimo en la tabla, clasificando a la fase eliminatoria de la Sudamericana del año siguiente, con 20 puntos, anotó 1 gol y dio 3 asistencias.
Peña jugó 33 partidos esa temporada, anotó 3 goles y dio 5 asistencias.
Su equipo terminó en el decimocuarto puesto con 16 puntos, Peña anotó 1 gol y dio 1 asistencia.
En la temporada 2020 debutó ante Atlético Grau reemplazando a Carlos Ross, que se lesionó en la victoria 2-0.
El 11 de febrero debutó en la primera ronda ante Argentinos Juniors con un empate 1-1, en ese partido entró al minuto 73 por Marcio Valverde.
El 9 de octubre jugó su último partido del Apertura ante Deportivo Llacuabamba, su equipo ganó 2-0.
Es el cuarto refuerzo del club dirigido por Ronny Revollar que también incorporó a Jonathan Ávila, Renato Espinosa y Diego Manicero.
[81][82] Su equipo terminó en el puesto decimoséptimo con 14 puntos y Peña jugó 6 partidos.
[83] Peña espera seguir demostrando su fútbol en la Primera División, lamentó el descenso con Alianza Universidad donde no tuvo mayores oportunidades ni con el entrenador Rony Revollar ni con Julio César Uribe.
[65] Debido a su posicionamiento y movimiento inteligente con el balón, se destaca en los contraataques.
Fue un jugador trabajador, al que también se conocía por su resistencia y contribución defensiva sin el balón.