Los reordenamientos cromosómicos son una fuente importante de esta variación.
Un evento típico relacionado con la epigenética sería la metilación de genes .
La variación somaclonal permite a la creación de variabilidad genética adicional.
Es posible utilizar diferentes pasos para reducir la variación somaclonal.
Otra forma de reducir la variación somaclonal es evitar el 2,4-D en el medio de cultivo, ya que se sabe que esta hormona introduce variación.