La serie se centra en los agentes especiales del FBI Dana Scully (Gillian Anderson) y su nuevo compañero John Doggett (Robert Patrick) -luego de la abducción extraterrestre de su excompañero, Fox Mulder (David Duchovny)-, quienes trabajan en casos relacionados con lo paranormal, llamados expedientes X.
De repente, un hombre con un hacha y un tercer ojo asesina a ambos agentes con un golpe en la cabeza.
Al día siguiente, Dana Scully (Gillian Anderson) llama a John Doggett (Robert Patrick) para informarle sobre el caso y dice que no se reunirá con él, debido a asuntos personales.
Doggett visita la escena del crimen, donde se reúne con su jefe, Walter Skinner (Mitch Pileggi).
Cuando un vagabundo le pide cambio, Tipet lo ataca, atrapándolo en el pavimento y golpeándole en la frente.
Les dice que Tipet usó el alucinógeno Tabernanthe iboga para acercarse a Dios usando una combinación de prácticas religiosas cristianas y orientales llamadas la Vía negativa.
Doggett regresa a la oficina de los expedientes X, donde, para su sorpresa, se encuentra con los pistoleros solitarios.
Volviendo al almacén donde encontraron a Bormanis, Skinner y Doggett se encuentran con Tipet, que intenta quitarse la vida abriéndose la cabeza con una sierra de mesa.
Con Tipet en coma, Kersh decide cerrar el caso, diciendo que han encontrado al principal sospechoso.
Al día siguiente, Doggett se despierta y descubre que ahora tiene un tercer ojo en medio de su frente.
Empieza a agradecerle por haberle salvado la vida, pero ella le informa que Tipet murió debido al coma.
Spotnitz vio esto como una oportunidad para desarrollar aún más el personaje de Doggett.
[8] Mitch Pileggi, quien interpretó a Walter Skinner, estaba satisfecho con el producto final.
Inicialmente, Wharmby tuvo problemas para conseguir una toma en la que las ratas se congregaran en medio de una habitación.
Más tarde, el equipo pasó muchas horas «pintando excrementos de rata en esa toma».
[14] Aunque advirtió que «Via Negativa» no es «una especie de clásico perdido» y que la historia en sí no era «tan impresionante», elogió la atmósfera del episodio, describiéndolo como «pesado, cargado de fatalidad, y con frecuencia extraño».
[15] George Avaros y Michael Liedtke de Contra Costa Times fueron en general positivos con respecto al episodio y dijeron que tenía todas las características que crearon un «episodio excelente de X-Files».