De 1946-48 enseñó teoría en The New School en Nueva York e ingresó en la facultad del St.
John's enseñando música como parte de su Great Books Program, hasta su jubilación en 1964.
Sus explicaciones sobre teoría musical estuvieron fuertemente endeudadas por las teorías del musicólogo Heinrich Schenker, y su comprensión de la percepción musical debe mucho a la psicología de la Gestalt, así como a la fenomenología alemana.
Zuckerkandl creía que la música era parte del "aspecto místico de la existencia humana", y trató de explicar su existencia en todas las culturas como un fenómeno universal.
No fue muy conocido hasta que sus obras fueron redescubiertas por académicos en la década de 1990.