Está ubicada en plena Carretera Austral, junto al estero Mano Negra, justo antes de su confluencia con el río Emperador Guillermo, en la cuenca del río Aysén.
Desde Villa Ortega nace el camino X-445 que lleva a la reserva nacional Trapananda y Ñirehuao.
Al poniente, cruzando el estero, se emplaza el bien nacional protegido Cerro Rosado, famoso por su bosque petrificado.
Luego se denominó Villa Ortega, refiriéndose al apellido del colono y dueño de los predios, Gumersindo Ortega Monroy.
Actualmente el edificio del museo alberga la biblioteca y la radio local.