En la última fase de la Segunda Guerra Mundial, la villa fue ocupada por las SS que destruyeron parte del edificio y sus muebles.
Durante los siete siglos de su historia, Villa San Carlo Borromeo ha sido frecuentada por innumerables artistas italianos y extranjeros.
Leonardo da Vinci se quedó en la residencia, así como muchos escritores y artistas: San Carlo Borromeo, Ippolito Pindemonte, Montesquieu, el filósofo francés Denis Diderot, Stendhal, Napoleón, Alessandro Manzoni, Benedetto Croce, Antonio Rosmini, el fundador del futurismo Filippo Tommaso Marinetti, Giovanni Verga, Luigi Pirandello y, en tiempos más recientes, por nombrar solo algunos, el escritor francés de origen rumano Eugène Ionesco, el escritor argentino Jorge Luis Borges, el escritor judío rumano Elie Wiesel y el historiador y novelista chino Shen Dali.
Por lo tanto, los nuevos propietarios decidieron comenzar una primera restauración importante que tiene como objetivo proteger la propiedad en sí.
Además, las salas del museo albergan una colección permanente que consiste en las obras de grandes maestros del siglo XX: artistas italianos y europeos, famosos maestros rusos, incluidos Marc Chagall, Mijaíl Anikushin, Andrej Lyssenko, Ely Bielutin, Josif Gurwič, Grigorij Zejtlin, Alekseij Lazykin.
Esta es la parte histórica del terreno, donde se han reintroducido las esencias locales y exóticas típicas, que habían desaparecido durante años, para formar el jardín botánico.