Zaragoza se localiza a 22° 02' 15" de latitud norte, 100° 43' 55" de longitud oeste y 1970 metros sobre el nivel medio del mar, por lo que pertenece a la llamada "zona centro” del estado.
En la parte central La Labor, Paso Hondo y Arenal, al norte también se encuentra la Presa de Varela.
La zona considerada como montañosa en ese municipio se localiza en las porciones sureste, este y norte, en donde empieza a formarse la Sierra de Álvarez.
El área del municipio se haya cubierta por una población vegetal típica de las zonas templadas áridas, entre las que pueden encontrarse matorral desértico espinoso, nopalera, izotal, cardonal y pastizal.
De dichas combinaciones se localizan especies como: gobernadora, mezquite, huizache, hojasén, corolaria, castela, lycium, guayule, candelilla, maguey, lechuguilla, nopalera, palma china, palma loca y diferentes tipos de zacate como: navajita, banderilla, borreguero y lobero.
La fauna del municipio está compuesta por animales como: coyote, gato montés, liebre, pájaros, venado de cola blanca, águila, ardilla, tigrillo, paloma ilustre, víbora de cascabel y arácnidos.