La localidad está situada a una altitud de 977 m s. n. m.[2][3] La hidrografía del municipio está formada principalmente por el río Espinarejo, antiguamente también llamado Jimonte, que nace en Sanchorreja y que fluye paralelo al Arevalillo para juntarse y desembocar en el río Adaja y a su vez al río Duero.
También hay que destacar los numerosos barrancos o carcabas de las que nacen pequeños arroyos, o torrentes, destacando "La Mojea", "la Barranca" y la "Fuente de la mora", esta última muy conocida en la zona por su buen agua para guisos y cocidos.
La idea de repoblar estos territorios conquistados por parte del Rey y al mismo tiempo de ir creando fronteras, cuando emigrantes del norte se asientan fundando nuevos poblados o aldeas.
La tierra era propiedad de grandes señores, nobles e iglesia que el Rey donaba como distintos favores.
Con estos organismos, aparece una primera organización reglada del fisco y diversas contribuciones.
Territorio que puede considerarse de transición entre la llanura, hoy día dedicado a la agricultura (La Moraña) y la montaña, cuyo árbol emblemático sigue siendo la encina.
Aquí se instalaron nuestros ancestros y primeros pobladores creando una nueva aldea con objeto de explotar la tierra.
El sistema empleado, como los historiadores denominan, es el de Rozas o Círculo, que en Villaflor se aprecia claramente.
El primero estaría formado por viviendas con calles orientadas hacia una principal (en el año 1750 tan sólo había tres calles: Calzada Real de Peñaranda, Pública y Callejuela, y al lado un elemento fluvial básico).
En un principio, los primeros pobladores se dedicarían al desbroce para continuar con la roturación de la tierra.
Durante muchos años funciona de esta forma, en donde todo gira alrededor del trabajo.
Consideramos la aldea como una unidad administrativa elemental, cuya institución específica era el Concejo Rural.
Al comienzo era el Concejo para continuar con la aparición de Alcaldes y Regidores y limitado a unos cuantos, los que abonaban tributo, hasta llegar a una mayor democratización del sistema.
A partir del siglo XIX es cuando realmente Villaflor comienza a estructurarse, siendo sus primeros ingresos la renta que le proporciona el remate anual de la casa-taberna, derechos del vino y alcohol y renta de la Dehesa-Boyal.
En el área judicial, explicar su evolución desde los primeros pleitos, en donde cada parte nombra a su “hombre bueno”, y la justicia concejil, con los juicios de conciliación.
Sin olvidar el lado económico, obligación mediante contribuciones a partir de que surge el Obispado con los Arcedianatos (Villaflor pertenecía al de Ávila) y, a su vez, divididos en Cabildos.
Otro de los temas a destacar por su importancia es la cultura, la Escuela como instrucción pública.
Nunca antes había sido obligatoria hasta que se instaura en el siglo XVIII y XIX.
En el año 1859 se firma el primer contrato con Don Mauricio López por 10 años y a pagar en especies, por no disponer de fondos.
Se comprometen el Ayuntamiento, la Junta de Instrucción Primaria y los mayores contribuyentes del pueblo.