El vecindario conocido primeramente como Villanueva, estaba formado por dos barrios, el de San Martín (hoy en día conocido como "La Granja") en la margen izquierda del río Najerilla, y el de "Las Cuevas" o de San Pedro en la margen derecha.
El origen de Villanueva se remonta al siglo X, cuando los reyes navarros trataban de repoblar las tierras al sur del Ebro,[1] aunque las primeras noticias suyas son del siglo XI como población vinculada al reino de Pamplona en su expansión por el Alto Najerilla.
No obstante, hay conjeturas sobre una existencia muy anterior, incluso desde época romana, y una ocupación castellana previa.
Valvanera utilizó a la villa como avanzadilla agrícola para cubrir una carencia originaria, lo que provocó roces continuos por derechos de jurisdicción con los pueblos limítrofes, las villas comuneras de Anguiano, Matute y Tobía, también enfrentadas por el aprovechamiento de pastos y montes y cuyas violentas consecuencias afectaron a sus habitantes.
En el barrio de "Las Cuevas" hubo iglesia con advocación a San Pedro.