Wagner Leonardo inició su carrera futbolística en las categorías juveniles del Santos FC en 2009, integrándose al equipo a los nueve años.
[2] En 2019, tras su destacada participación en la Copa São Paulo de Fútbol Júnior, fue promovido al primer equipo por el entrenador Jorge Sampaoli.
[4] Más tarde, en 2020, debutó en el Campeonato Brasileño Serie A y en la Copa Libertadores, consolidándose como una promesa del club, aunque enfrentó algunos contratiempos como su contagio de COVID-19 en enero de 2021.
[6][7] Regresó al Santos en julio del mismo año y anotó su primer gol para el equipo principal el 10 de octubre en la victoria 1-0 sobre Grêmio.
[13] En este club, destacó como titular indiscutido, lo que llevó a que la institución adquiriera el 50% de sus derechos económicos y le ofreciera un contrato hasta finales de 2025.