Forma parte de San Lorenzo desde los 8 años, cuando asistía a los torneos infantiles y al fútbol recreativo del club.
Walter Kannemann iba a tener el primer gran reto de su carrera, formando parte del equipo que enfrentaría a San Martín de San Juan en la última fecha del campeonato.
Unos minutos después llegaría el empate a través de Carlos Bueno tras chocar con el arquero y definir con el arco libre.
Finalmente el ciclón ganaría 3 a 1 y luego conseguiría un triunfo en la promoción logrando así el objetivo de quedarse en la máxima categoría.
Jugaría su segundo clásico consecutivo en la derrota frente a Racing, en un partido donde toda la línea defensiva tuvo una mala actuación.
Durante todo el torneo tuvo grandes actuaciones, fue figura en el consagratorio empate contra Vélez Sarsfield.
[4] Para el Torneo Final 2014 y con Edgardo Bauza como nuevo director técnico, Kannemann no tendría la posibilidad de destacarse como lo venía haciendo y perdió su puesto en manos de Emmanuel Mas.
En su última etapa en San Lorenzo ganó la Copa Libertadores 2014 y jugó el Mundial de Clubes en Marruecos, donde el equipo quedó en segundo puesto tras haber perdido la final con Real Madrid por 2-0.
Poco a poco se ha ganado el cariño de "La Fiel", como se le conoce a la afición del Atlas, en donde gracias a su entrega y presencia en la cancha han dejado una buena impresión del central en todo el público mexicano y se ha convertido en pocos partidos en un referente en la zaga del equipo.
Si bien el conjunto mexicano cayó derrotado por 3-1, cabe resaltar que Kannemann convirtió su primer gol en la Copa Libertadores al estampar el provisorio 2 a 1.
Con el club brasileño disputó la Copa Libertadores en 2017, en donde se afianzó como segundo central titular.
En el partido de vuelta, Kannemann no pudo jugar, debido a una suspensión.