Wellington Sánchez se inició en el Técnico Universitario de Ambato, a pesar de ser hincha del Macará, el equipo archirrival.
Después pasó a la Universidad Católica de Quito sólo un año y luego fue a El Nacional.
En 1994 fue llamado por primera vez a la Selección ecuatoriana de fútbol.
En el 2005 vuelve a El Nacional, siendo campeón con el Club Militar en los años 2005 y 2006.
Participó en las eliminatorias para el Mundial Corea-Japón 2002 anotando un gol ante la Selección venezolana de fútbol y fue parte de la nómina de jugadores que disputó el mencionado mundial.