Pronto atrajo la atención de sir Roderick Murchison, quien lo nombró cirujano y naturalista para la expedición al Níger enviada en 1854 con apoyo gubernamental.
Tras remontar el río Benue unos cuatrocientos kilómetros más allá del punto alcanzado por los exploradores anteriores, el pequeño vapor Pleiad en el que viajaban regresó y llegó a la desembocadura del Níger, tras un viaje de 118 días, sin perder ni un solo hombre.
Tras dos años explorando el Níger, el navío naufragó al atravesar algunos rápidos, y Baikie no pudo mantener unido a su grupo.
En menos de cinco años, había abierto la navegación por el Níger, construido caminos y establecido un mercado.
Para la heterogénea comunidad así formada, Baikie actuó no solo como gobernante, sino también como médico, maestro y sacerdote.