A partir de 1640 fue profesor en Pembroke Hall (Cambridge).
Su obra más notable fue su ampliamente conocido[2] libro A Treatise on the Natural Grounds and Principles of Harmony (1694),[3] donde expuso sus ideas acerca de la afinación y el temperamento.
Tal y como ocurría en el sistema pitagórico, y a diferencia de lo que ocurría en el sistema de Zarlino (1517-1590), todos los intervalos de tono quedan iguales y el intervalo cromático es más grande que el diatónico.
Holder nunca se enteró de que la coma había sido inventada diez años atrás por el alemán Nicolaus Kauffmann (1620-1687), más conocido como Nikolaus Mercator.
Algunas pocas de sus composiciones musicales se encuentran en la Biblioteca Británica, en el Harleian MSS 7338 and 7339.