Fallon comenzó su servicio de Aviación Naval en volar en el RA-5C Vigilante con un despliegue de combate a Vietnam, hasta volar el Intruder A-6 en 1974.
Sirvió en las asignaciones de vuelo con escuadrones de ataque y alas portadoras de aire durante 24 años, la implementación en el Mar Mediterráneo, el Atlántico, Pacífico e Índico se embarcó a bordo del USS Saratoga (CV 60), USS Ranger (CV 61), USS Nimitz (CVN 68) , el USS Dwight D. Eisenhower (CVN 69) y USS Theodore Roosevelt (CVN 71).
Fallon ordenó el Escuadrón de Ataque 65 se embarcó a bordo del Dwight D. Eisenhower, ala de ataque de un medio en NAS Oceana, Virginia, y Carrier Air Wing 8 a bordo del Theodore Roosevelt durante un despliegue de combate al Golfo Pérsico para la Operación Tormenta del Desierto en 1991.
Su primera misión oficial de bandera fue con la OTAN, como jefe de personal auxiliar, los planes y de políticas para el Comandante Supremo Aliado en el Atlántico.
El almirante William Fallon, máximo responsable de las Fuerzas Armadas de Estados Unidos para las guerras de Irak y Afganistán, anunció su dimisión el martes debido a lo que calificó de noticias falsas sobre supuestas grandes diferencias entre él y el Gobierno de George W. Bush respecto a Irán.
Su decisión siguió a la publicación de una noticia en la revista Esquire la semana pasada que le llamaban "El Hombre entre la Guerra y la Paz" y le describían resistiéndose a una campaña del Gobierno para tomar medidas más duras contra Teherán.
"He aprobado con pesar y reticencia la solicitud del almirante Fallon para retirarse", dijo Gates.