En la guerra civil estadounidense, Mahone era partidario de la secesión y sirvió como general en el ejército confederado del sur.
También dirigió el Readjuster Party, un partido político estatal temporal con una coalición de negros libres, republicanos y demócratas populistas, y fue elegido por la Asamblea General del Estado para el Senado de los Estados Unidos en 1881.
[3] Habiendo tenido un buen desempeño con el nuevo ferrocarril, fue contratado para construir una carretera de tablones entre Fredericksburg y Gordonsville.
Durante la guerra civil estadounidense, participó activamente en el conflicto incluso antes de convertirse en oficial del Ejército Confederado.
La treta funcionó, y no se perdió ni un solo soldado confederado mientras las autoridades de la Unión abandonaban la zona y se retiraban a Fort Monroe, al otro lado de Hampton Roads.
Otelia Mahone trabajaba en Richmond como enfermera, cuando el gobernador de Virginia, John Letcher, envió la noticia de que Mahone había sido herido en la batalla, pero que sólo había recibido una "herida superficial".
La herida no ponía en peligro su vida, pero se perdió la campaña de Maryland al mes siguiente.
Aunque su herida en Manassas no había sido grave, Mahone sufrió de dispepsia aguda toda su vida.
Durante la guerra, le acompañaron una vaca y pollos para proveerse de productos lácteos.
Pero Mahone reunió a las fuerzas confederadas restantes en las cercanías, repeliendo el ataque, y la Unión perdió su ventaja inicial.
Habiendo comenzado como una táctica innovadora, la Batalla del Cráter se convirtió en una terrible pérdida para los líderes de la Unión.
", a lo que éste respondió "No, General, aquí hay tropas listas para cumplir con su deber".
[9] Mahone también estuvo con Lee en la rendición en Appomattox Court House tres días después.
[10] Una vez retirado del cargo, Mahone continuó involucrado en la política relacionada con Virginia hasta que sufrió una catastrófica apoplejía en Washington D. C., en el otoño de 1895.