Pepper fundó el Philadelphia Medical Times y fue editor de dicha revista entre 1870 y 1871.
Fue elegido rector de la Universidad de Pensilvania en 1881 y permaneció en ese cargo hasta 1894.
Por sus servicios como director médico Exposición Universal del Centenario de los Estados Unidos en Filadelfia en 1876, fue nombrado caballero de la Orden de San Olaf por el rey Óscar II de Suecia.
William Pepper fue conocido académicamente, por sus contribuciones a la teoría y la práctica de la medicina y el Sistema de medicina que editó en 1885 y 1886 se convirtió en un estándar de libros de medicina de Estados Unidos.
Sus contribuciones a las revistas médicas y publicaciones científicas fueron los siguientes: Pepper fue también el fundador de la primera biblioteca pública libre de Filadelfia, creada en 1891 con fondos proporcionados por la herencia de su difunto tío, que se convirtió en la Free Library de Filadelfia, en la actualidad es el sistema con varias sucursales de bibliotecas públicas de la ciudad.