Cuando Newton renunció al puesto de profesor lucasiano de matemáticas, unos tres años más tarde, hizo que se nombrara a Whiston en su lugar.
Durante su carrera, Whiston pronunció conferencias sobre astronomía y matemáticas, pero la influencia de Newton también lo alentó a interesarse más a fondo en la cronología y la doctrina bíblicas.
Como cabía esperar, se le aconsejó prudencia, pese a lo cual Whiston persistió.
Llegó a ser profesor adjunto de Sir Isaac Newton, siendo considerado como un brillante matemático en Cambridge.
Mientras Newton era reservado y temía por su posición, Whiston se mostraba muy franco.