En 1540, a la edad de dieciséis años, ingresó en Brasenose College, Oxford, donde se graduó B.A.
Viajó a Francia, donde pasó la mayor parte del tiempo en la Universidad de Orleans, pero también visitó Lyon y estudió en París, donde el embajador inglés, Sir John Mason o Sir William Pickering utilizaron sus servicios como intérprete.
Hacia el final de 1552, Whittingham visitó universidades en Alemania y Ginebra.
En la fiesta con Cox estaba John Jewel, el famoso obispo de Salisbury, quien se opuso resueltamente a Whittingham y Knox en su programa.
Existe una narrativa del conflicto, casi presencial, publicada en 1575, titulada 'A Brieff Discours off the Troubles begonne en Franckford en Alemania, anno Domini 1554.
Abowte the Booke off Common Prayer and Ceremonies, y continuada por los ingleses A pesar de Q. Maries Raigne, '1575.
Los estudiosos recientes han argumentado que Whittingham es el autor de la narrativa.
Para el siglo XVII, a medida que las influencias laudianas ganaran ascendencia, todas las cosas de Genevan fueron condenadas.
Además de estos, Whittingham tradujo cuatro salmos en el salterio escocés.
Whittingham revisó para la prensa el trabajo de Knox sobre la predestinación, publicado en Ginebra en 1560.
Contribuyó con una epístola dedicatoria a "Cómo deben obedecerse los poderes superiores" de Christopher Goodman (Ginebra, 1558).
En 1572, cuando Lord Burghley se convirtió en señor tesorero, Whittingham fue sugerido, probablemente por Leicester, como su sucesor en el cargo de secretario.
Según William Hutchinson, se había emitido una comisión en 1576 o 1577 para examinar las quejas en su contra.
Esto incluyó a los tres ex comisionados y alrededor de una docena más.
El arzobispo Sandys agregó además que Whittingham ni siquiera había sido ordenado válidamente ni siquiera según los estándares de Ginebra, sino que había sido elegido predicador sin la imposición de manos.
Sin embargo, el arzobispo Richard Bancroft, en "Posiciones peligrosas", se refirió a él como "después indignamente decano de Durham", y lo clasifica con Goodman, Gilby y otros puritanos.