[3] La especie X. beauperthuysii fue descrita por primera vez por los naturalistas franceses Jacques Pucheran y Frédéric de Lafresnaye en 1850 bajo el nombre científico Nasica beauperthuysii; la localidad tipo es: «Pebas, margen norte del río Amazonas, Loreto, Perú».
[3] El nombre genérico masculino «Xiphorhynchus» se compone de las palabras del griego «ξιφος xiphos»: espada, y «ῥυγχος rhunkhos»: pico; significando «con pico en forma de espada»;[6] y el nombre de la especie «beauperthuysii», conmemora al médico microbiologista francés Louis Daniel Beauperthuy Desbonnes (1807-1871).
[7] La presente especie es tratada como la subespecie X. ocellatus beauperthuysii del trepatroncos ocelado (Xiphorhynchus ocellatus), del sur del río Amazonas, por las principales clasificaciones,[8][4] pero es reconocida como especie separada por Aves del Mundo (HBW), Birdlife International (BLI) y el Comité Brasileño de Registros Ornitológicos (CBRO),[9] con base en la profunda divergencia genética encontrada en una análisis filogenética multilocular del complejo Xiphorhynchus pardalotus/ocellatus de Sousa-Neves et al (2013),[10] sin embargo, esto no fue reconocido por el Comité de Clasificación de Sudamérica (SACC) que rechazó la Propuesta N° 600 que propuso la separación de X. ocellatus en tres especies, debido a la insuficiencia de datos publicados de vocalizaciones.
[3] El epíteto beauperthuysii reemplaza al utilizado previamente weddellii, ya que este último es posterior y tiene una localidad tipo vagamente definida, que puede hasta referirse a X.
[5] Según HBW se reconocen dos subespecies, pero la subespecie Xiphorhynchus beauperthuysii lineatocapilla (Berlepsch & Leverkühn, 1890) es conocida apenas por el holotipo, con zona de distribución incierta y tiene la localidad tipo probablemente definida de forma errada.