El palacio fue reconstruido antes de ser finalmente destruido una segunda vez, como otros centros minoicos, hacia 1450 a. C.[1] Las primeras excavaciones se realizaron en 1915 por Iosif Hatzidakis,[2] y continuaron hasta la actualidad mediante la Escuela Francesa de Atenas.
Toda la ciudad estaba amurallada, al menos en los periodos minoico antiguo III-minoico medio I.
Además, al sur del asentamiento había un santuario de cima en el monte llamado Profeta Elías.
[7] A unos 30 m de la puerta norte del palacio se halla una gran explanada rectangular de 29,10 x 39,80 m rodeada por un muro realizado con grandes piedras a la que se ha denominado "ágora".
[8] En un ángulo de la explanada anteriormente mencionada se halla la cripta hipóstila, que también fue construida en el periodo protopalacial.
Se cree que el ágora, los almacenes y la cripta forman un conjunto cuya funcionalidad no está clara: una hipótesis, defendida por Henri Van Effenterre, apunta a que fuese la sede de un poder diferente al real que residiría en el palacio, tal vez un consejo de sabios mientras la explanada podría acoger a la asamblea del pueblo; otra, sugerida por Alexiou, atribuye al ágora una función comercial; otra, señalada por Nikolaos Platon, opina que el conjunto podría tener una función atlética.
[9] Situado al noreste del palacio, el barrio Mu (nombre dado por los arqueólogos) ocupa una extensión de 3000 m².
En él se han encontrado diversos edificios destinados a diversos oficios así como de carácter habitacional; y espacios abiertos de carácter público que se han identificado como protoágoras.
[12] Otros barrios y edificios destacados del yacimiento de Malia son: También se han excavado una serie de tres casas al sur del palacio fechadas en el periodo minoico antiguo III-minoico medio IA.