Yonatthan Rak hizo las divisiones inferiores en el Club Sportivo Miramar Misiones, debutando en el año 2012.
[1] Hacia 2014 fue fichado a préstamo por el Cartagena, pero volvió rápidamente a su club de origen ya que no se adaptó.
[1] Desde 2018 hasta 2021, jugó en Montevideo City Torque, club con el cual logró ascender a Primera División en dos ocasiones (2018 y 2020).
Tras esto, en principio, volvería a México o sería cedido a otro equipo, pero finalmente Peñarol consiguió negociar y contar con Rak por un año más en calidad de préstamo, gracias también a la voluntad del jugador de continuar en el carbonero.
[4][5] En junio de 2024, firmó en el Central Córdoba (SdE).