Yoshi y Bebé Mario son los dos personajes que manejarás en este juego, así como defenderlos de unos malvados Shy Guys.
En la primera fase Bebe Mario desciende en tres globos, con el lápiz se dibujan nubes en la pantalla inferior que actúan como plataformas sólidas con el fin de mover a Bebe Mario hacia monedas flotantes o lejos de personajes hostiles.
Maratón Modo sin fin o infinito donde se trata de recorrer la mayor distancia posible con 20 huevos a disposición del Yoshi verde.
En este modo Yoshi debe recorrer una zona infinita sin suelo donde los únicos enemigos en la pantalla inferior son Briers (inmunes a las burbujas dibujadas en la pantalla táctil) y en la superior hay Goonies esqueletos, Shy Guys, y murciélagos.
Los huevos lanzados por Yoshi perforan múltiples enemigos cuando los Briers retraen sus espinas en caso contrario lo bloquean.
Duelo El multijugador, el segundo jugador esta en la pantalla superior del DS y la nubes dibujadas son amarillas como en modo Tiempo.