Hyakutake se interesó por la astronomía cuando era estudiante de educación secundaria, después de observar el cometa Ikeya-Seki en 1965 a la edad de 15 años.
Se graduó en la Universidad Kyūshū Sangyō con una especialización en fotografía, y comenzó a trabajar en un periódico de Fukuoka.
Poco más de un mes después, Hyakutake descubrió el cometa C/1996 B2 mientras intentaba observar al C/1995 Y1.
El C/1996 B2, también llamado el Gran Cometa de 1996, fue uno de los cometas que más cerca se han aproximado a la Tierra en los últimos 200 años, y su aparición fue una de las más espectaculares de los tiempos modernos.
Hyakutake falleció en Kokubu, Kagoshima en 2002, a la edad de 51 años, por un aneurisma que le produjo una hemorragia interna.