Gracias a estas credenciales, New Japan Pro-Wrestling se interesó por él y le contrató en 1992.
Allí Nagata, presentado como un arrogante heel nipón, tuvo luchas titulares con nombres como Chris Jericho, Dean Malenko, Booker T y Goldberg.
Además, Yuji tuvo un feudo con Ernest Miller, tras lo que después Onoo prescindió de sus servicios.
Avanzado 1998, después de una breve escalada en México, hizo un corto retorno a Japón como enviado de WCW, haciendo equipo con Kensuke Sasaki para competir en la WCW Tag Team Title Contenders League.
En noviembre, Nagata formó equipo con Manabu Nakanishi y participaron en la Super Grade Tag League VIII, pero a pesar de tener varias victorias, no ganaron el torneo, ni luego el IWGP Tag Team Championship ante nWo Japan (Hiroyoshi Tenzan & Satoshi Kojima).