Ha sido esporádicamente habitado por el pueblo maya a lo largo de distintas épocas, desde su construcción inicial en el periodo preclásico, ca.
Algunas inscripciones en los monumentos del grupo B sugieren vínculos con Tikal, importante centro político que se encuentra a 25 km de Zacpetén.
El grupo F es un conjunto residencial ubicado al norte del sistema defensivo que protegía a la península.
Esta variante aparece también en otros sitios como Topoxté y Muralla de León, en el mismo Petén.
Otros sitios del posclásico pertenecientes a los Itzá que contienen grupos ceremoniales, no incluyen templos formales como en el caso de Zacpetén.