El objetivo del juego es matar los máximos enemigos posibles sin ser alcanzado y sin que se acabe el combustible.
El objetivo del juego es alcanzar tantos puntos, destruyendo a los enemigos como sea posible en un espacio de mira isométrica sin ser derribado o sin acabarse el combustible, lo que, paradójicamente, puede reponerse haciendo explotar bidones de combustible (300 puntos).
Al final de la segunda fortaleza hay un jefe en forma del robot Zaxxon.
También se muestra un altímetro; en el espacio no hay nada sobre lo que la nave pueda proyectar una sombra.
Dentro de cada fortaleza hay muros adicionales que la sombra y el altímetro del barco ayudan a sobrevolar con éxito.
Video Games en 1983 calificó la versión ColecoVision de Zaxxon como un "golpe para este nuevo sistema".
También es un juego de arcade desbloqueable en Sonic's Ultimate Genesis Collection para Xbox 360 y PlayStation 3.
El esquema de color es diferente, la nave del jugador vuela más rápido (lo que dificulta el juego) y el robot al final de la segunda fortaleza es reemplazado por un dragón.
Zaxxon 3-D fue uno de los primeros cinco títulos aprobados del acuerdo por Sega para convertirse en el Atari Jaguar, pero nunca fue lanzado.