La misión del Comando era «intensificar gradual y aceleradamente la acción contrasubversiva (…) a fin de completar el aniquilamiento del oponente».
Estos jefes operaban con una libertad total pudiendo capturar y asesinar al enemigo y podían solicitar refuerzos con personal policial.
[17] Se destacó también por no tener subzonas sino directamente áreas, pues el Comando no tenía brigadas asignadas, sino unidades de formación y perfeccionamiento del personal militar.
Las operaciones de seguridad internas consistían básicamente en la defensa y seguridad de la guarnición, lo que se proveía con guardias y retenes.
En cambio, las operaciones de seguridad externas eran acciones cuya misión era afianzar la seguridad en el área asignada, lo cual se ejecutaba en colaboración con la Policía de la Provincia de Buenos Aires; las operaciones externas consistían en controles en rutas o caminos.