Como huérfano, Émile Francqui fue enviado a una escuela militar cuando tenía solo 15 años.
En 1896, se convirtió en el cónsul belga en la China imperial y permaneció allí hasta 1902.
Durante la Primera Guerra Mundial, Herbert Hoover en los Estados Unidos creó la Comisión de Ayuda en Bélgica (CRB) para apoyar a la CNSA en el extranjero.
Además, la Fundación Educativa Belga Americana (BAEF) se fundó para el intercambio de estudiantes entre Bélgica y los Estados Unidos.
Émile Francqui participó, junto con Félicien Cattier, en el establecimiento del Fondo Nacional de Investigación Científica (FNRS).