En julio de 1895, Gentil remontó el río Congo en un vapor montado para esa ocasión, el Léon-Blot.
La misión navegó el Ubangui y luego transportó de nuevo el barco por tierra hasta la cuenca del río Chari, que desde ahí se dirigía hacia el norte hasta desaguar en el lago Chad.
Los franceses atacaron desde el río, con los cañones montados en el vapor Léon-Blot y luego por tierra, sufriendo muchas perdidas (46 hombres).
Los franceses ganaron la confrontación final y en ella murió el comandante Lamy, tomando el mando Gentil.
En febrero de 1902 Gentil fue nombrado Comisario general del Gobierno francés en el Congo, con residencia en Brazzaville.
Maltratado por la prensa en el asunto de las masacres del Congo, pero exonerado por la comisión Lanessan, Gentil permaneció en el cargo y organizó las cuatro circunscripciones de Gabón, Congo Medio, Ubangi-Chari y Chad, que formaron el África Ecuatorial Francesa.
El gobierno francés le honró nombrando un puerto marítimo establecido en la desembocadura del río Ogooué, Port-Gentil, ahora la segunda ciudad más grande de Gabón.