ARID1A posee al menos dos dominios conservados que podrían ser cruciales para esta función.
El primero de ellos, es un dominio de unión a ADN que puede unirse específicamente a regiones del ADN ricas en AT.
Parece ser que esta proteína confiere especificidad al complejo SNF/SWI y podría ser la responsable de reclutar y dirigir el complejo a sus dianas correspondientes por medio de interacciones proteína-ADN o proteína-proteína.
Cabe destacar que han sido descritos dos transcritos diferentes provenientes del mismo gen, que dan lugar a dos isoformas de la proteína.
[3] La proteína ARID1A ha demostrado ser capaz de interaccionar con: